De ansökningar som kommer in till E2B2 bedöms av särskilt utvalda experter med god kunskap om det som ansökan handlar om. Om det är möjligt så träffas alla bedömare och prioriterar samtliga ansökningar i utlysningen gemensamt. Bedömningarna och prioriteringarna är rådgivande och det som lämnas är en rekommendation om vilka ansökningar som bör beviljas. Bedömargruppen fattar inga beslut utan det gör Energimyndigheten.
Nya medlemmar kan läggas till i bedömargruppen under programmets gång.